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I cimeli del Museo appartengono a tre Fondi importanti:
- Il Fondo Treccani
- Il Fondo del Centro Manzoniano
- Il Fondo della Biblioteca Braidense

Il Fondo Treccani, donato al Centro dal conte Giovanni Treccani degli Alfieri nel 1938, nel quale sono confluiti anche i cimeli appartenuti a Marino Parenti, il primo Conservatore della Casa del Manzoni, e curatore del volume Immagini Manzoniane, 1942.

Il Fondo del Centro Manzoniano, nel quale confluiscono i cimeli (autografi, dipinti, oggetti) acquisiti tramite donazioni di privati o acquisti.

Il Fondo della Biblioteca Braidense, costituito da una serie di ritratti, stampe, cimeli, pervenuti tramite la donazione di Pietro Brambilla, marito di Vittoria Manzoni, nipote di Alessandro, alla Biblioteca Nazionale di Brera nel 1907, e da questa Biblioteca depositati presso il Centro Nazionale Studi Manzoniani.